Para responder a estas preguntas, Dunkel y su estudiante de doctorado Dominic Skinner, ahora becario postdoctoral NSF-Simons en la Universidad Northwestern, buscaron formular un modelo matemático que les permitiera simular el crecimiento y la dinámica de los enjambres bacterianos, y predecir la formación de los patrones de interfaz.
“Hacer experimentos de prueba y error es muy costoso y lleva mucho tiempo”, dice Dunkel. “Entonces, Dominic desarrolló e implementó un modelo que podía predecir el resultado esperado en un par de minutos”.
Skinner compara las bacterias programadas con los LEGO vivos. “El laboratorio de Ingmar está creando los componentes básicos biológicos y nosotros estamos generando el manual con nuestros modelos”, dice. “Su laboratorio coloca a las bacterias en los lugares correctos: pululan, se dividen y construyen colectivamente la forma objetivo deseada”.
Dunkel agrega: “Estos sistemas experimentales únicos hacen posible explorar una serie de preguntas biológicas fundamentales: ¿Cuántos tipos de células se necesitan para desarrollar ciertos patrones? ¿Cuánta información debe codificarse en el ADN para lograr un cierto nivel de complejidad estructural? ¿Qué controla las formas emergentes? La buena concordancia entre las predicciones del experimento y del modelo nos permite estudiar estas preguntas usando simulaciones por computadora a un costo muy bajo”.
Más allá de esto, la investigación sugiere varias aplicaciones prácticas directas en el diseño de biomateriales.
Su artículo de investigación «La lógica de adhesión de 4 bits permite el patrón de interfaz multicelular universal» aparece en la portada de Nature .
“En nuestro artículo, proporcionamos realizaciones de prueba de concepto de láminas elásticas de crecimiento propio y estructuras de canales que pueden transportar gotas de líquido a los lugares deseados”, dice Dunkel. “Otra aplicación son los biosensores; básicamente, las bacterias escriben un mensaje legible por humanos cuando detectan una molécula en su entorno”.
Como próximo paso, el equipo planea hacer crecer estructuras tridimensionales y agregar funcionalidades adicionales a las bacterias, como la capacidad de producir ciertos químicos en los lugares deseados.
El primer autor de este trabajo es Honesty Kim; otros coautores son David Glass, Alexander Hamby y Bradey Stuart. Todos están o estuvieron con el laboratorio Riedel-Kruse.
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